पेप्टाइड्स का उपयोग करते समय, हम अक्सर पेप्टाइड शुद्धता और पेप्टाइड सामग्री के संकेतकों का सामना करते हैं। बहुत से लोग आश्चर्यचकित हो सकते हैं कि उनकी पेप्टाइड शुद्धता 95% क्यों है लेकिन पेप्टाइड सामग्री केवल 80% है। ऐसा इसलिए है क्योंकि ये दो पूरी तरह से अलग अवधारणाएँ हैं।
पेप्टाइड शुद्धता: पेप्टाइड शुद्धता एचपीएलसी विश्लेषण का उपयोग करके 214 एनएम (214 एनएम पेप्टाइड श्रृंखला की अवशोषण तरंग दैर्ध्य है) पर पता लगाए गए लक्ष्य पेप्टाइड की मात्रा को संदर्भित करती है।
पेप्टाइड सामग्री: यह एक नमूने में गैर-पेप्टाइड पदार्थों के सापेक्ष पेप्टाइड्स के प्रतिशत को संदर्भित करता है।
पेप्टाइड की शुद्धता एचपीएलसी द्वारा 214 एनएम पर पता लगाए गए लक्ष्य पेप्टाइड की सामग्री को संदर्भित करती है (214 एनएम पेप्टाइड श्रृंखला की अवशोषण तरंग दैर्ध्य है)। लक्ष्य पेप्टाइड के अलावा, एचपीएलसी अशुद्धियों का पता लगा सकता है जिनमें शामिल हैं: हटाए गए अनुक्रम (लक्ष्य अनुक्रम में एक या अधिक अमीनो एसिड अवशेष गायब हैं), काटे गए अनुक्रम (सुरक्षा के दौरान उत्पन्न अनुक्रम), और अपूर्ण रूप से संरक्षित अनुक्रम (जिसके परिणामस्वरूप संश्लेषण प्रक्रिया या अंतिम दरार प्रक्रिया होती है)। हालाँकि, एचपीएलसी पानी और ट्राइफ्लूरोएसेटेट (टीएफए) और एसीटेट जैसे अवशिष्ट लवणों का पता नहीं लगा सकता है। पेप्टाइड संश्लेषण के दौरान, पेप्टाइड अनुक्रम को टीएफए का उपयोग करके राल से अलग किया जाता है, और शुद्धिकरण के दौरान थोड़ी मात्रा में टीएफए भी उत्पन्न होता है। इसलिए, मुक्त अमीनो टर्मिनस और पेप्टाइड की अन्य साइड चेन, जैसे कि Arg, Lys और His, छोटी मात्रा में TFA अशुद्धियाँ उत्पन्न कर सकते हैं। दूसरा मुद्दा नमी का है. पेप्टाइड्स को आमतौर पर लियोफिलाइजेशन का उपयोग करके निर्जलित किया जाता है, लेकिन फिर भी, सहसंयोजक बंधन क्षमता के आधार पर पानी अलग-अलग डिग्री तक मौजूद रहेगा। इसलिए, वितरित पेप्टाइड्स में आमतौर पर टीएफए लवण और पानी की थोड़ी मात्रा होती है, जो एचपीएलसी द्वारा पता नहीं चल पाती है, जिससे पेप्टाइड सामग्री और शुद्धता में अंतर होता है।
